＜結論＞
免税事業者からの税込み仕入金額を集計できるようにする必要があります。
会計ソフトで免税事業者で発生した税額を処理する税コードを設定しましょう。

＜解説＞
2024年3月に免税業者からの仕入が税込み19,800,000円（税率は10％）だったとします。

■仕入時の会計処理

材料費　　　 18,000,000　／　買掛金　19,800,000
仮払消費税等　1,800,000 (A)

仕入のタイミングにおいては、適格請求書発行事業者からの仕入と処理は全く同じですね。

■消費税申告時

申告時に違いが出てきます。
添付の消費税の申告書付表2-3における⑪欄B列で免税事業者からの仕入で発生した税込み金額を抜き出します。
続いて、⑫欄で仕入税額控除ができる消費税額を算出します。
添付の例では、免税事業者からの仕入で発生した消費税　1,800,000円に対して

(B) 1,440,000円（消費税1,123,200＋地方消費税316,800）しか仕入税額控除ができません。

※なお今回の例における仕入計上日2024年3月は経過措置中です。
　2023年10月１日から2026年９月30日まで 仕入税額相当額の 80％
　2026年10月１日から2029年９月30日まで 仕入税額相当額の 50％
　2029年10月１日以降は免税事業者からの消費税の仕入税額控除は一切できなくなります。

■消費税精算時の会計処理

上記の(A)1,800,000と(B)1,440,000の差額　360,000円はどうなるのでしょうか。

租税公課　360,000　／　未払消費税等　360,000

最終的に費用として計上することになります。
免税業者から仕入すると仕入金額が割高になるとも言えますね。